Kaksisuuntainen mielialahäiriö on elinikäinen tila, joten se vaatii elinikäistä hoitoa, vaikka sairastunut henkilö olisikin hyvin. Hoitoa ohjaa yleensä psykiatri tai muu mielenterveysalan ammattilainen, joka on perehtynyt kaksisuuntaisen mielialahäiriön hoitoon. Hoito voi sisältää yhdistelmän lääkkeitä, hoitoa ja muita mahdollisesti tarpeellisia hoitoja, kuten kuntoutus päihteiden väärinkäytöstä.
Psykiatrit suosittelevat tyypillisesti lääkkeitä alkuhoitona mielialan tasapainottamiseksi ja oireiden hallitsemiseksi mahdollisimman nopeasti. Kun oireet ovat hallinnassa, tarvitaan ylläpitohoitoa kaksisuuntaisen mielialahäiriön hallitsemiseksi pitkällä aikavälillä. Ylläpitohoito on erittäin tärkeää; ilman sitä uusiutumisen riski on suurempi, ja on suurempi mahdollisuus, että pienet mielialan vaihtelut voivat muuttua täydelliseksi maniaksi tai masennukseksi.